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Visualizador contextual de imagens médicas. ; Contextual medical image viewer.

Moreno, Ramon Alfredo
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 15/04/2005 Português
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27.946238%
O Prontuário Eletrônico do Paciente deve, idealmente, agregar todas as possíveis fontes de informação de um paciente, independentemente de sua localização e forma de armazenamento, e permitir às pessoas autorizadas acessar esses dados. Porém, na prática, os sistemas de informação médica são heterogêneos e de difícil integração, e as informações médicas são altamente complexas e pouco estruturadas (Klein, 2002). No sentido de integrar as informações médicas de sistemas heterogêneos e distribuídos desenvolveu-se, no Instituto do Coração, o projeto PACS-HC, com foco em imagens médicas. Neste trabalho, propõe-se o componente final de acesso às informações do PACS-HC, o Visualizador Contextual de Imagens Médicas. O visualizador proposto é capaz de realizar, além da visualização, processamento e pesquisa de imagens médicas, tarefas como a recuperação de imagens semelhantes em bases de dados de patologias e a recuperação de informações bibliográficas, utilizando o contexto dos dados. Para isso, criou-se um modelo de contexto, implementado na forma de uma ontologia utilizandose o software Protégé. Também se desenvolveu uma arquitetura extensível e robusta para processamento e visualização de imagens médicas. Como resultado...

Um processo de software e um modelo ontológico para apoio ao desenvolvimento de aplicações sensíveis a contexto; A software process and a ontological model for supporting the development of context-aware applications

Bulcão Neto, Renato de Freitas
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 13/12/2006 Português
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Aplicações sensíveis a contexto utilizam informações de contexto para fornecer serviços adaptados a usuários na realização de suas tarefas. Informação de contexto é qualquer informação considerada relevante para caracterizar entidades de uma interação usuário-computador, como a identidade e a localização de usuários. Esta tese trata a carência de uma abordagem que considere, em termos de processo de software, a complexidade de desenvolvimento de software sensível a contexto. O problema em questão é tratado por meio de três linhas de investigação: modelagem de informação contextual, serviços para tratamento de informação contextual e processo de software para computação sensível a contexto. As contribuições desta tese incluem: (i) o processo de software POCAp (Process for Ontological Context-aware Applications) para apoiar a construção de aplicações sensíveis a contexto baseadas em ontologias; (ii) o modelo de informações de contexto SeCoM (Semantic Context Model) baseado em ontologias e em padrões da Web Semântica; (iii) a infra-estrutura de serviços configuráveis SCK (Semantic Context Kernel) para interpretar informações de contexto apoiadas por modelos ontológicos de informação contextual...

Uma arquitetura para sistemas de busca semântica para recuperação de informações em repositórios de biodiversidade; An architecture for semantic search systems for retrieving information in repositories of biodiversity

Amanqui, Flor Karina Mamani
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 16/05/2014 Português
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A diversidade biológica é essencial para a sustentabilidade da vida na Terra e motiva numerosos esforços para coleta de dados sobre espécies, dando origem a uma grande quantidade de informação. Esses dados são geralmente armazenados em bancos de dados relacionais. Pesquisadores usam esses bancos de dados para extrair conhecimento e compartilhar novas descobertas. No entanto, atualmente a busca tradicional (baseada em palavras-chave) já não é adequada para ser usada em grandes quantidades de dados heterogêneos, como os de biodiversidade. Ela tem baixa precisão e revocação para esse tipo de dado. Este trabalho apresenta uma nova arquitetura para abordar esse problema aplicando técnicas de buscas semânticas em dados sobre biodiversidade e usando formatos e ferramentas da Web Semântica para representar esses dados. A busca semântica tem como objetivo melhorar a acurácia dos resultados de buscas com o uso de ontologias para entender os objetivos dos usuários e o significado contextual dos termos utilizados. Este trabalho também apresenta os resultados de testes usando um conjunto de dados representativos sobre biodiversidade do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) e do Museu Paraense Emílio Goeldi (MPEG). Ontologias permitem que conhecimento seja organizado em espaços conceituais de acordo com seu significado. Para a busca semântica funcionar...

Um software de apoio educacional hipermídia para recomendação de tópicos de estudo relevantes : estudo de caso

Oliveira, Elaine Harada Teixeira de
Fonte: Universidade Federal do Rio Grande do Sul Publicador: Universidade Federal do Rio Grande do Sul
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Português
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A presente tese tem como principal objetivo investigar a aplicação do princípio da relevância, proveniente da Teoria da Relevância de Sperber e Wilson (1986; 1995), em um sistema hipermidia adaptativo de apoio educacional. Essa investigação, de caráter exploratório, através de um estudo de caso, visa observar o comportamento do usuário no sistema quando são feitas sugestões de tópicos de estudo de acordo com a relevância de cada um. A relevância, uma propriedade de entradas para processos cognitivos, é uma função baseada na relação econômica de custo/benefício. Segundo a teoria, o custo é o esforço de processamento requerido para assimilar uma nova informação e o benefício, o efeito contextual obtido, ou seja, o benefício cognitivo que o indivíduo pode obter no processamento de tal informação. O sistema foi modelado com base em um framework conceitual adaptativo que previa o uso de uma ontologia de domínio como estrutura de conhecimento. Essa ontologia foi avaliada e valorada por especialistas. A instanciação deste framework aconteceu no domínio de preparação para certificação em testes de proficiência da língua japonesa. As técnicas de adaptação adotadas foram no sentido de guiar a navegação no sistema através do método de sugestão de tópicos relevantes...

Sistema de pergunta-resposta em área médica

Fialho, Pedro Miguel Rocha Pereira
Fonte: Universidade de Évora Publicador: Universidade de Évora
Tipo: Dissertação de Mestrado
Português
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A correta implementação de sistemas de pergunta-resposta representa uma mudança no conceito de interação entre Homem e máquina devido à utilização exclusiva de linguagem humana na comunicação em ambos os sentidos. Existem ainda poucas alternativas de sistemas de pergunta-resposta para língua portuguesa, orientados a domínios médicos ou baseados em ontologias e/ou programação em lógica. Esta dissertação descreve a implementação e avaliação de um sistema de pergunta-resposta em lógica contextual para interrogação em português de uma ontologia de relatórios neurovasculares definindo uma combinação inovadora de tecnologias em sistemas de pergunta-resposta. Esta abordagem é avaliada com um conjunto de perguntas formulado especificamente para este domínio médico relativamente a precisão, cobertura, acerto e pontuação F revelando resultados satisfatórios/medianos; ### Abstract: The mature development of question answering systems sets a turning point in humancomputer interaction due to the exclusive use of human language on both ways of communication. There are still few alternatives for question answering systems for the portuguese language, medical domain oriented or based on ontologies and/or logic programming. This thesis describes the development and evaluation of a question answering system in contextual logic allowing portuguese queries on an ontology of neurovascular reports defining a new combination of technologies in question answering systems. This approach is evaluated with a domain specific question set for precision...

PHENOGO: ASSIGNING PHENOTYPIC CONTEXT TO GENE ONTOLOGY ANNOTATIONS WITH NATURAL LANGUAGE PROCESSING

LUSSIER, YVES; BORLAWSKY, TARA; RAPPAPORT, DANIEL; LIU, YANG; FRIEDMAN, CAROL
Fonte: PubMed Publicador: PubMed
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em //2006 Português
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Natural language processing (NLP) is a high throughput technology because it can process vast quantities of text within a reasonable time period. It has the potential to substantially facilitate biomedical research by extracting, linking, and organizing massive amounts of information that occur in biomedical journal articles as well as in textual fields of biological databases. Until recently, much of the work in biological NLP and text mining has revolved around recognizing the occurrence of biomolecular entities in articles, and in extracting particular relationships among the entities. Now, researchers have recognized a need to link the extracted information to ontologies or knowledge bases, which is a more difficult task. One such knowledge base is Gene Ontology annotations (GOA), which significantly increases semantic computations over the function, cellular components and processes of genes. For multicellular organisms, these annotations can be refined with phenotypic context, such as the cell type, tissue, and organ because establishing phenotypic contexts in which a gene is expressed is a crucial step for understanding the development and the molecular underpinning of the pathophysiology of diseases. In this paper, we propose a system...

The ontology-based answers (OBA) service: a connector for embedded usage of ontologies in applications

Dönitz, Jürgen; Wingender, Edgar
Fonte: Frontiers Research Foundation Publicador: Frontiers Research Foundation
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 05/10/2012 Português
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The semantic web depends on the use of ontologies to let electronic systems interpret contextual information. Optimally, the handling and access of ontologies should be completely transparent to the user. As a means to this end, we have developed a service that attempts to bridge the gap between experts in a certain knowledge domain, ontologists, and application developers. The ontology-based answers (OBA) service introduced here can be embedded into custom applications to grant access to the classes of ontologies and their relations as most important structural features as well as to information encoded in the relations between ontology classes. Thus computational biologists can benefit from ontologies without detailed knowledge about the respective ontology. The content of ontologies is mapped to a graph of connected objects which is compatible to the object-oriented programming style in Java. Semantic functions implement knowledge about the complex semantics of an ontology beyond the class hierarchy and “partOf” relations. By using these OBA functions an application can, for example, provide a semantic search function, or (in the examples outlined) map an anatomical structure to the organs it belongs to. The semantic functions relieve the application developer from the necessity of acquiring in-depth knowledge about the semantics and curation guidelines of the used ontologies by implementing the required knowledge. The architecture of the OBA service encapsulates the logic to process ontologies in order to achieve a separation from the application logic. A public server with the current plugins is available and can be used with the provided connector in a custom application in scenarios analogous to the presented use cases. The server and the client are freely available if a project requires the use of custom plugins or non-public ontologies. The OBA service and further documentation is available at http://www.bioinf.med.uni-goettingen.de/projects/oba

A Taxonomy for Contextual Information in Electronic Health Records

Weir, Charlene R.; Staggers, Nancy; Doing-Harris, Kristina; Dunlea, Robert; McCormick, Teresa; Barrus, Robyn
Fonte: American Medical Informatics Association Publicador: American Medical Informatics Association
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 23/06/2012 Português
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Contextual information is functional, social and financial information about patients and is central to many health-care decisions, including end-of-life care, living arrangements, and the aggressiveness of treatment. It is the language of patients when talking about their health and frequently the focus of nursing interventions. In this study, we report the results of a qualitative analysis of interviews of 17 clinicians focusing on their use of contextual information during the process of care, decision-making and documentation. We identified seven characteristics of contextual information relevant to its use in a clinical setting. Implications for Natural Language Processing and Ontology construction are discussed.

Multi-dimensional Ontology Views via Contexts in the ECOIN Semantic Interoperability Framework

Firat, Aykut; Madnick, Stuart; Manola, Frank
Fonte: MIT - Massachusetts Institute of Technology Publicador: MIT - Massachusetts Institute of Technology
Tipo: Trabalho em Andamento Formato: 309795 bytes; application/pdf
Português
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37.700461%
This paper describes the coupling of contexts and ontologies for semantic integration in the ECOIN semantic interoperability framework. Ontological terms in ECOIN correspond to multiple related meanings in different contexts. Each ontology includes a context model that describes how a generic ontological term can be modified according to contextual choices to acquire specialized meanings. Although the basic ECOIN concepts have been presented in the past, this paper is the first to show how ECOIN addresses the case of "single-ontology with multiple contexts" with an example of semantic integration using our new prototype implementation.

Information integration using contextual knowledge and ontology merging

Firat, Aykut
Fonte: Massachusetts Institute of Technology Publicador: Massachusetts Institute of Technology
Tipo: Tese de Doutorado Formato: 152 p.; 9268088 bytes; 9267892 bytes; application/pdf; application/pdf
Português
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27.67879%
With the advances in telecommunications, and the introduction of the Internet, information systems achieved physical connectivity, but have yet to establish logical connectivity. Lack of logical connectivity is often inviting disaster as in the case of Mars Orbiter, which was lost because one team used metric units, the other English while exchanging a critical maneuver data. In this Thesis, we focus on the two intertwined sub problems of logical connectivity, namely data extraction and data interpretation in the domain of heterogeneous information systems. The first challenge, data extraction, is about making it possible to easily exchange data among semi-structured and structured information systems. We describe the design and implementation of a general purpose, regular expression based Cameleon wrapper engine with an integrated capabilities-aware planner/optimizer/executioner. The second challenge, data interpretation, deals with the existence of heterogeneous contexts, whereby each source of information and potential receiver of that information may operate with a different context, leading to large-scale semantic heterogeneity. We extend the existing formalization of the COIN framework with new logical formalisms and features to handle larger set of heterogeneities between data sources. This extension...

A context-based name resolution approach for semantic schema integration

Barreto Belian, Rosalie; Carolina Brandão Salgado, Ana (Orientador)
Fonte: Universidade Federal de Pernambuco Publicador: Universidade Federal de Pernambuco
Tipo: Outros
Português
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Uma das propostas da Web Semântica é fornecer uma grande diversidade de serviços de diferentes domínios na Web. Estes serviços são, em sua maioria, colaborativos, cujas tarefas se baseiam em processos de tomada de decisão. Estas decisões, por sua vez, serão mais bem embasadas se considerarem a maior quantidade possível de informação relacionada às tarefas em execução. Neste sentido, este cenário encoraja o desenvolvimento de técnicas e ferramentas orientadas para a integração de informação, procurando soluções para a heterogeneidade das fontes de dados. A arquitetura baseada em mediação, utilizada no desenvolvimento de sistemas de integração de informações tem como objetivo isolar o usuário das fontes de dados distribuídas utilizando uma camada intermediária de software chamada de mediador. O mediador, em um sistema de integração de informações, utiliza um esquema global para a execução das consultas do usuário que são reformuladas em sub-consultas de acordo com os esquemas locais das fontes de dados. Neste caso, um processo de integração de esquemas gera o esquema global (esquema de mediação) como resultado da integração dos esquemas individuais das fontes de dados. O problema maior em integração de esquemas é a heterogeneidade das fontes de dados locais. Neste sentido...

Ontoilper: an ontology- and inductive logic programming-based method to extract instances of entities and relations from texts

Lima, Rinaldo José de; Freitas, Frederico Luiz Gonçalves de
Fonte: Universidade Federal de Pernambuco Publicador: Universidade Federal de Pernambuco
Tipo: Tese de Doutorado
Português
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A área de Extração de Informação (IE) visa descobrir e estruturar informações dispostas em documentos semi-estruturados ou desestruturados. O Reconhecimento de Entidades Nomeadas (REN) e a Extração de Relações (ER) são duas subtarefas importantes em EI. A primeira visa encontrar entidades nomeadas, incluindo nome de pessoas e lugares, entre outros; enquanto que a segunda, consiste na detecção e caracterização de relações que envolvem as entidades nomeadas presentes no texto. Como a tarefa de criar manualmente as regras de extração para realizar REN e ER é muito trabalhosa e onerosa, pesquisadores têm voltado suas atenções na investigação de como as técnicas de aprendizado de máquina podem ser aplicadas à EI a fim de tornar os sistemas de ER mais adaptáveis às mudanças de domínios. Como resultado, muitos métodos do estado-da-arte em REN e ER, baseados em técnicas estatísticas de aprendizado de máquina, têm sido propostos na literatura. Tais sistemas normalmente empregam um espaço de hipóteses com expressividade propositional para representar os exemplos, ou seja, eles são baseado na tradicional representação atributo-valor. Em aprendizado de máquina, a representação proposicional apresenta algums fatores limitantes...

Uma Metodologia para a Construção Semiautomatizada de Ontologias a partir de Documentos Textuais; A Methodology for the Semi-automatic Construction of Ontology from Textual DocumentS

MATOS, Hellen Carmo de Oliveira
Fonte: Universidade Federal de Goiás; BR; UFG; Mestrado em Ciência da Computação; Ciências Exatas e da Terra - Ciências da Computação Publicador: Universidade Federal de Goiás; BR; UFG; Mestrado em Ciência da Computação; Ciências Exatas e da Terra - Ciências da Computação
Tipo: Dissertação Formato: application/pdf
Português
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37.924434%
Information organization became a fundamental process in face of the exponential increasing of available information, motivated by technology advances, Internet in particular. It demands effective approaches of information filtering and searching, like the information retrieval systems. Such systems depend on the document s semantic representation, which can be implemented through conceptual and semantic relationship representation instruments, as ontologies. The ontology construction is a complex and time-consuming process. It s difficult to know whether a given ontology is wide enough to represent the documents semantic information. Up to date ontologies are developed according to Ontology Engineering standards and methods, although there is no any universal solution. This work presents a methodology for semi-automatic construction of ontologies. It also demonstrates an ontology construction for grid computing domain, aiming to validate the proposal. Such domain is strongly associated to resources sharing to solve problems on dynamic and heterogeneous environment. The allocation of these resources is an essential task in the grid and depends on the quality of available information. The constructed ontology aims to provide a description of the resources available in a computational grid to help on the qualification of information contained in this environment. This will allow the semantic discovery of grid resources to run applications on an efficient way; A organização da informação tornou-se um processo fundamental à medida em que vem crescendo exponencialmente o volume de informações disponíveis...

A contextual ontology to provide location-aware services and interfaces in smart environments

Machuca, Miriam; López, Miguel Ángel; Marsá Maestre, Iván; Velasco Pérez, Juan Ramón
Fonte: Universidade de Alcalá Publicador: Universidade de Alcalá
Tipo: info:eu-repo/semantics/conferenceObject; PeerReviewed Formato: 269059 bytes; application/pdf
Português
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47.74726%
Context-aware computing is about gathering user information and their environment such as user location and preferences, service status, and nearby devices. Such context information is used to adjust enviroment settings to suit user needs and preferences. As environments can change rapidly, applications must be aware of it and adapt their behaviour in real time. We describe an application that introduces intelligent agents in smart homes to provide location-aware services and interfaces. This application must keep an eye on some context information to carry out user preferences. Our approach is based on a contextual ontology that is a key component to enable context sharing and representation.

Disease Ontology: a backbone for disease semantic integration

Schriml, Lynn Marie; Arze, Cesar; Nadendla, Suvarna; Chang, Yu-Wei Wayne; Mazaitis, Mark; Felix, Victor; Feng, Gang; Kibbe, Warren Alden
Fonte: Oxford University Press Publicador: Oxford University Press
Tipo: Artigo de Revista Científica
Português
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The Disease Ontology (DO) database (http://disease-ontology.org) represents a comprehensive knowledge base of 8043 inherited, developmental and acquired human diseases (DO version 3, revision 2510). The DO web browser has been designed for speed, efficiency and robustness through the use of a graph database. Full-text contextual searching functionality using Lucene allows the querying of name, synonym, definition, DOID and cross-reference (xrefs) with complex Boolean search strings. The DO semantically integrates disease and medical vocabularies through extensive cross mapping and integration of MeSH, ICD, NCI's thesaurus, SNOMED CT and OMIM disease-specific terms and identifiers. The DO is utilized for disease annotation by major biomedical databases (e.g. Array Express, NIF, IEDB), as a standard representation of human disease in biomedical ontologies (e.g. IDO, Cell line ontology, NIFSTD ontology, Experimental Factor Ontology, Influenza Ontology), and as an ontological cross mappings resource between DO, MeSH and OMIM (e.g. GeneWiki). The DO project (http://diseaseontology.sf.net) has been incorporated into open source tools (e.g. Gene Answers, FunDO) to connect gene and disease biomedical data through the lens of human disease. The next iteration of the DO web browser will integrate DO's extended relations and logical definition representation along with these biomedical resource cross-mappings.

Context and ontology in understanding of dialogs

Zadrozny, Wlodek
Fonte: Universidade Cornell Publicador: Universidade Cornell
Tipo: Artigo de Revista Científica
Publicado em 15/05/1995 Português
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We present a model of NLP in which ontology and context are directly included in a grammar. The model is based on the concept of {\em construction}, consisting of a set of features of form, a set of semantic and pragmatic conditions describing its application context, and a description of its meaning. In this model ontology is embedded into the grammar; e.g. the hierarchy of {\it np} constructions is based on the corresponding ontology. Ontology is also used in defining contextual parameters; e.g. $\left[ current\_question \ time(\_) \right] $. A parser based on this model allowed us to build a set of dialog understanding systems that include an on-line calendar, a banking machine, and an insurance quote system. The proposed approach is an alternative to the standard "pipeline" design of morphology-syntax-semantics-pragmatics; the account of meaning conforms to our intuitions about compositionality, but there is no homomorphism from syntax to semantics.; Comment: 7 pp. Latex (documentstyle[ijcai89,named]). Proc. IJCAI'95 Workshop on Context in NLP. Montreal, Aug.1995. Correspondence to wlodz@watson.ibm.com

The e-Sentencias prototype: a procedural ontology for legal multimedia applications in the Spanish Civil Courts

Casanovas, Pompeu; Binefa i Valls, Xavier; Gracia, Ciro; Teodoro, Emma; Galera, Núria; Blázquez, Mercedes; Poblet, Marta; Carrabina, Jordi; Montón i Macián, Màrius; Montero, Carlos; Serrano, Javier; López-Cobo, José Manuel
Fonte: Amsterdam IOS Press Publicador: Amsterdam IOS Press
Tipo: Parte de Livro Formato: application/pdf
Publicado em //2009; 2009 Português
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Search, retrieval, and management of multimedia contents are challenging tasks for users and researchers alike. We introduce a software-hardware system for the global management of the multimedia contents produced by Spanish Civil Courts. The ultimate goal is to obtain an automatic classification of images and segments of the audiovisual records that, coupled with textual semantics, allows an efficient navigation and retrieval of judicial documents and additional legal sources. This paper describes our knowledge acquisition process, sets a typology of Spanish Civil hearings as performed in practice, and a preliminary procedural ontology at its actual stage of development (e-Sentencias ontology). A discussion on procedural, contextual and multimedia ontologies is also provided.

The Ontology for Parasite Lifecycle (OPL): towards a consistent vocabulary of lifecycle stages in parasitic organisms

Parikh, Priti P; Zheng, Jie; Logan-Klumpler, Flora; Stoeckert, Christian J Jr; Louis, Christos; Topalis, Pantelis; Protasio, Anna V; Sheth, Amit P; Carrington, Mark; Berriman, Matthew; Sahoo, Satya S
Fonte: Universidade de Cambridge Publicador: Universidade de Cambridge
Tipo: Article; Published Version
Português
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RIGHTS : This article is licensed under the BioMed Central licence at http://www.biomedcentral.com/about/license which is similar to the 'Creative Commons Attribution Licence'. In brief you may : copy, distribute, and display the work; make derivative works; or make commercial use of the work - under the following conditions: the original author must be given credit; for any reuse or distribution, it must be made clear to others what the license terms of this work are.; Abstract Background Genome sequencing of many eukaryotic pathogens and the volume of data available on public resources have created a clear requirement for a consistent vocabulary to describe the range of developmental forms of parasites. Consistent labeling of experimental data and external data, in databases and the literature, is essential for integration, cross database comparison, and knowledge discovery. The primary objective of this work was to develop a dynamic and controlled vocabulary that can be used for various parasites. The paper describes the Ontology for Parasite Lifecycle (OPL) and discusses its application in parasite research. Results The OPL is based on the Basic Formal Ontology (BFO) and follows the rules set by the OBO Foundry consortium. The first version of the OPL models complex life cycle stage details of a range of parasites...

A method for increasing expressivity of Gene Ontology annotations using a compositional approach

Huntley, Rachael P.; Harris, Midori A.; Alam-Faruque, Yasmin; Blake, Judith A.; Carbon, Seth; Dietze, Heiko; Dimmer, Emily C.; Foulger, Rebecca E.; Hill, David P.; Khodiyar, Varsha K.; Lock, Antonia; Lomax, Jane; Lovering, Ruth C.; Mutowo-Meullenet, Prude
Fonte: BioMed Central Publicador: BioMed Central
Tipo: Article; PeerReviewed Formato: application/pdf
Publicado em 21/05/2014 Português
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27.747258%
Background: The Gene Ontology project integrates data about the function of gene products across a diverse range of organisms, allowing the transfer of knowledge from model organisms to humans, and enabling computational analyses for interpretation of high-throughput experimental and clinical data. The core data structure is the annotation, an association between a gene product and a term from one of the three ontologies comprising the GO. Historically, it has not been possible to provide additional information about the context of a GO term, such as the target gene or the location of a molecular function. This has limited the specificity of knowledge that can be expressed by GO annotations. Results: The GO Consortium has introduced annotation extensions that enable manually curated GO annotations to capture additional contextual details. Extensions represent effector–target relationships such as localization dependencies, substrates of protein modifiers and regulation targets of signaling pathways and transcription factors as well as spatial and temporal aspects of processes such as cell or tissue type or developmental stage. We describe the content and structure of annotation extensions, provide examples, and summarize the current usage of annotation extensions. Conclusions: The additional contextual information captured by annotation extensions improves the utility of functional annotation by representing dependencies between annotations to terms in the different ontologies of GO...

OntoDiSENv1: an Ontology to Support Global Software Development

Chaves,Ana Paula; Steinmacher,Igor; Lapasini Leal,Gislaine Camila; Huzita,Elisa H. M.; Biasão,Alberto B.
Fonte: CLEI Electronic Journal Publicador: CLEI Electronic Journal
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/08/2011 Português
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Abstract Global Software Development (GSD) brought competitive advantages to organizations, but it has also imposed some drawbacks due to the physical distribution. A critical aspect of this approach is related to communication. In order to provide the same semantic understanding about information exchanged on the environment to all team members it is necessary to minimize the ambiguity. This paper presents OntoDiSENv1, application ontology for a distributed software development environment. The goal of this ontology is support communication among geographically dispersed team members. The ontology is integrated to a contextual information dissemination model, which notifies the team members about the actions that occur on the shared workspace and can influence their work. The main contribution of OntoDiSENv1 is to support contextual information representation and processing, providing inference capability and semantic consistency of the information disseminated.