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Passado, Presente e Futuro da Bioinformática

Deusdado, Sérgio
Fonte: Instituto Politécnico de Bragança, Escola Superior Agrária Publicador: Instituto Politécnico de Bragança, Escola Superior Agrária
Tipo: Conferência ou Objeto de Conferência
Português
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37.467039%
Nas últimas décadas do século XX os avanços científicos nos métodos experimentais em biologia molecular, e mais concretamente na sequenciação genómica , possibilitaram a acumulação de grandes volumes de dados biológicos primários. Da expansão da informação genómica resultou, por inerência, um expansão na informação proteómica e metabolómica. Toda esta informação despertou uma quantidade de investigadores e de esforços de investigação para desvendar o conhecimento intrínseco aos dados existentes, no intuito de compreender o funcionamento dos sistemas biológicos e assim extrair benefícios para as áreas da saúde e da biotecnologia, entre outras. A bioinformática revelou‐se essencial para o armazenamento, comunicação, processamento e estudo desses dados. Novos algoritmos, novas aplicações e novas formas de pensar a computação devem a sua origem à revolução da bioinformação, que teve um marco indelével na conclusão da sequenciação do genoma humano em 2001. Desde então, a evolução da bioinformática teve uma evolução só comparável à evolução dos próprios computadores, sendo que os volumes de informação biológica que são veiculados pelas redes da informação global...

Bioinformática e Biomedicina

Deusdado, Sérgio
Fonte: Instituto Politécnico de Bragança, Escola Superior Agrária Publicador: Instituto Politécnico de Bragança, Escola Superior Agrária
Tipo: Conferência ou Objeto de Conferência
Português
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37.42191%
A sequenciação do genoma humano, anunciada ao mundo com os primeiros resultados em 2001 e terminada em 2003 é um marco na história da humanidade. Inicialmente, o foco da investigação genómica centrava-se nas espécies, e a comparação de genomas e de genes ocorria sobretudo entre diferentes organismos. Esse trabalho segue o seu curso, contando-se atualmente, apenas alguns milhares de espécies sequenciadas e os seus dados disponíveis nas bases de dados online. Uma década depois, entrados na era pós-genómica, os avanços na tecnologia de sequenciação, na biologia molecular e na bioinformática, possibilitam a obtenção de dados biológicos genómicos de uma forma muito mais rápida e acessível, abrindo caminho para a genómica e bioinformática individual, e cada vez mais próxima do realtime. A genómica descritiva abre caminho gradualmente à genómica funcional, possibilitando a intervenção da biomedicina. A saúde humana tem uma forte dependência na genómica, através do funcionamento dos genes, complementado com as condições ambientais e suas interações. A bioinformática vem desenvolvendo-se, há algumas décadas no sentido de possibilitar a obtenção e tratamento de dados biológicos, nomeadamente de ADN...

"Aplicação da bioinformática no estudo dos genes e enzimas envolvidos na síntese da goma fastidiana produzida pela xylella fastidiosa" ; "Bioinformatic applied in studies of the enzymes involved in the biosynthesis of the exopolysaccharide, fastidian gum, produced by Xylella Fastidiosa"

Muniz, João Renato Carvalho
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 25/04/2003 Português
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Xylella fastidiosa é uma bactéria Gram-negativa, limitada ao xilema das plantas e o agente causador de diversas doenças em importantes plantações como citros, videiras, mirta, amêndoa, arbustos e café. Em citros, X. fastidiosa causa a Clorose Variegada dos Citros (CVC) ou “amarelinho”. Nove enzimas (GumB, C, D, E, F, H, J, K e M) estão envolvidas nas etapas biossintéticas de um polissacarídeo extracelular (EPS), chamado de goma fastidiana, um dos mecanismos envolvidos na patogênese da bactéria. Essas enzimas catalisam reações de adição de açúcares, polimerização e exportação do EPS através da membrana da bactéria. No presente trabalho, ferramentas de bioinformática foram utilizadas para o estudo e entendimento da biossíntese da goma fastidiana. As nove enzimas foram estudadas quanto ao seu conteúdo de estrutura secundária, análise de hidrofobicidade e das regiões transmembrânicas, classificação quanto as suas funções. A construção de modelos estruturais para as enzimas Gums através de comparação por homologia seqüencial mostrou ser um processo impossível, devido a falta de moléculas homólogas com estruturas tridimensionais conhecidas. Por outro lado, métodos de reconhecimento de enovelamento mostraram bons resultados e comparações entre as estruturas secundárias das enzimas Gums foram calculadas com a utilização dos programas GenThreader e THREADER 3.3. Modelos tridimensionais para as enzimas GumB...

Bioinformática estrutural aplicada à evolução das glutationas transferases; Structural Bioinformatics Applied to the Evolution of Glutathione Transferases

Guelfi, Andréa
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 09/03/2006 Português
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37.026497%
As glutationas transferases compõem uma superfamíla de proteínas que atuam na fase II do sistema de desintoxicação das células. Participam principalmente através do processo de conjugação da glutationa com moléculas hidrofóbicas e eletrofílicas, como por exemplo os herbicidas. No entanto, outras funções foram descritas como a tolerância ao estresse oxidativo, inseticidas, antibióticos microbianos, transporte de produtos secundários tóxicos, sinalização da célula durante as respostas ao estresse e fenômenos de resistência envolvendo agentes de quimioterapia contra o câncer. Nesta tese procurou-se estabelecer uma relação entre a seqüência, estrutura, função e afinidade das GSTs. A estrutura, de modo geral, determina a função da enzima, mas por si só, não dita sua especificidade. Esta última informação é fundamental para o desenvolvimento de novos agroquímicos ou para o desenho racional de novas proteínas. A relação entre a seqüência, estrutura, função e afinidade mostra que o paradigma estrutura-função deveria ser ampliado para incluir a seqüência de aminoácidos e a afinidade da enzima. Apesar da grande diversidade de substratos e seqüências encontradas nas GSTs há pelo menos um caso de convergência funcional em duas classes distintas desta superfamília. Uma encontrada apenas no reino Animalia (classe Pi) e outra exclusiva do reino Plantae (classe Phi). Ferramentas da bioinformática estrutural...

Investigação de técnicas de classificação hierárquica para problemas de bioinformática; Investigation of hierarchial classification techniques for bioinformatics problems

Costa, Eduardo de Paula
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 25/03/2008 Português
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37.026497%
Em Aprendizado de Máquina e Mineração de Dados, muitos dos trabalhos de classificação reportados na literatura envolvem classificação plana (flat classification), em que cada exemplo é associado a uma dentre um conjunto finito (e normalmente pequeno) de classes, todas em um mesmo nível. Entretanto, existem problemas de classificação mais complexos em que as classes a serem preditas podem ser dispostas em uma estrutura hierárquica. Para esses problemas, a utilização de técnicas e conceitos de classificação hierárquica tem se mostrado útil. Uma das linhas de pesquisa com grande potencial para a utilização de tais técnicas é a Bioinformática. Dessa forma, esta dissertação apresenta um estudo envolvendo técnicas de classificação hierárquica aplicadas à predição de classes funcionais de proteínas. No total foram investigados doze algoritmos hierárquicos diferentes, sendo onze deles representantes da abordagem Top-Down, que foi o enfoque da investigação realizada. O outro algoritmo investigado foi o HC4.5, um algoritmo baseado na abordagem Big- Bang. Parte dos algoritmos estudados foram desenvolvidos com base em uma variação da abordagem Top-Down, denominada de Top-Down Ensemble, que foi proposta neste estudo. Alguns do algoritmos baseados nessa nova abordagem apresentaram resultados promissores...

Bioinformática estrutural de proteínas modificadas por eventos de splicing alternativo; Structural Bioinformatics of Proteins modified by Alternative Splicing

Durham, Elza Helena Andrade Barbosa
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 10/12/2007 Português
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37.026497%
Bioinformática estrutural de proteínas modificadas por eventos de splicing alternativo; Structural Bioinformatics of Proteins modified by Alternative Splicing

Análise da via de regulação gênica por ácido retinóico: uma abordagem por bioinformática e biologia estrutural; Analysis of retinoic acid pathway: an approach by bioinformatics and structural biology.

Sobreira, Tiago José Paschoal
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 11/12/2008 Português
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37.18238%
As vias de sinalização celular por meio de moléculas são um dos principais meios de controle funcional de um organismo. O entendimento das funções de moléculas sinalizadoras facilita a compreensão das vias metabólicas de um organismo, assim possibilitando uma melhor compreensão de vários eventos biológicos e também de várias doenças. A sinalização pelo ácido retinóico (AR), e seus derivados, é responsável pelo controle de várias funções, por exemplo: crescimento celular, diferenciação celular, formação da retina, desenvolvimento cardíaco e também relacionado a várias patologias como diabetes, obesidades, cânceres, e doenças cardiovasculares. A ação do ácido retinóico é controlada em dois níveis: no metabolismo de síntese/degradação e na sua utilização na sinalização para a expressão gênica. A maquinaria que controla o metabolismo inclui as enzimas de síntese do AR (aldeído desidrogenase ALDH) e as enzimas de degradação do AR (Cyp26), que controlam a distribuição espaço-temporal do AR durante a embriogênese. As ALDHs são enzimas NAD(P)+ dependentes, que oxidam uma ampla gama de aldeídos para os seus correspondentes ácidos carboxílicos, sendo ALDH1A2 a principal enzima na transformação de retinal em ácido retinóico. A maquinaria da sinalização celular por AR contém os receptores nucleares controlados por AR (RARs) que estão envolvidos com o controle da transcrição gênica. Os mecanismos de controle de expressão mais comuns são os que ocorrem na fase transcricional. Um desses mecanismos envolve proteínas que se ligam às regiões promotoras de transcrição...

Determinação do tropismo do HIV-1 pelos correceptores CCR5 e CXCR4 pelo uso de ferramentas de bioinformática.; Determination of HIV-1 coreceptor usage by CCR5 and CXCR4 coreceptors using bioinformatic tools

Arruda, Liã Bárbara
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 17/05/2010 Português
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37.18238%
A sequência de 35 aminoácidos da alça V3 da gp120 do gene env do HIV-1 é o principal determinante do tropismo viral pelos correceptores CCR5 ou CXCR4, utilizados pelo HIV-1 para a entrada na célula. O desenvolvimento de estratégias antirretrovirais baseadas no uso dos correceptores representa um avanço importante para o controle da progressão da infecção. Entretando, o uso clínico dos antagonistas de CCR5 implica na determinação do tropismo das cepas virais do indivíduo infectado e os programas preditores de bioinformática para a determinação do tropismo poderiam ser uma alternativa mais acessível para a triagem dos candidatos ao uso dos antagonistas de CCR5. Este estudo teve como objetivo utilizar ferramentas de bioinformática para a predição de tropismo e avaliar sua aplicabilidade na prática clínica. Foram coletadas amostras de sangue periférico de 101 indivíduos infectados pelo HIV-1 e sob acompanhamento clínico, dos quais foram extraídas amostras de DNA proveniente de PBMCs. As amostras de DNA foram amplificadas por PCR para a região da alça V3, das quais foram obtidas 94 sequências. Os sistemas preditivos foram avaliados utilizando 185 sequências com tropismo conhecido provenientes de banco de dados. Com base nesta análise foi possível elaborar um algoritmo para a predição do tropismo com 94% de confiabilidade. Assim...

Análise computacional do genoma e transcritoma de Plasmodium vivax: contribuições da bioinformática para o estudo da malária; Computational analysis of the Plasmodium vivax transcriptome and genome: bioinformatics contributions for the malaria investigation

Corrêa, Bruna Renata Silva
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 02/04/2012 Português
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37.026497%
Plasmodium vivax é o parasita causador de malária humana com maior distribuição global, responsável pela redução da qualidade de vida de milhões de pessoas ao redor do mundo. O objetivo geral do trabalho foi contribuir, através de metodologias estatísticas e de bioinformática, para o entendimento do mecanismo de escape da eliminação pelo baço do hospedeiro utilizado por P. vivax. Para isso, primeiramente realizou-se a análise estatística de um experimento de transcritômica, através de microarrays. Esse experimento foi conduzido previamente pelo grupo de colaboradores do presente estudo, utilizando um modelo animal, Aotus lemurinus griseimembra, com o objetivo de identificar genes de P. vivax expressos somente em parasitas retirados de macacos que possuíam o baço intacto. Em uma segunda fase, foi projetado um tiling array contendo todos os éxons e as regiões 5UTR e 3UTR disponíveis do genoma de P. vivax, que será utilizado para a realização de mais investigações a respeito da influência da presença do baço na expressão gênica de P. vivax. Na última etapa, foi conduzida uma melhoria na anotação funcional do genoma de P. vivax, através de uma metodologia automática, com o objetivo de adicionar informações para auxiliar na interpretação biológica dos resultados obtidos anteriormente e em estudos futuros.; Plasmodium vivax is the parasite that causes the human malaria type with the largest global distribution and it is responsible for quality of life impairment of millions of people around the world. The general purpose of this study was contribute to understand the mechanism used by P. vivax to scape from the host spleen elimination...

Bioinformática aplicada em RNomics: estratégias computacionais para caracterização de RNAs não-codificadores; Bioinformatics in RNomics: Computational characterization of non-coding RNAs

Paschoal, Alexandre Rossi
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 13/04/2012 Português
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A visao sobre o dogma central da biologia molecular passou por aperfeicoamentos na virada deste seculo. Muito se deve ao interesse por pesquisas feitas para compreensao do que ate entao eram regioes do genoma conhecidas como DNA Lixo. Neste contexto, projetos de transcriptoma, avancos em tecnologias de sequenciamento, bem como analises em bioinformatica, contribuiram para elucidar o que estava sendo transcrito. Tais regioes foram denominadas como RNAs nao-codificadores ou non-coding RNA (ncRNA) que eram transcritas, mas nao traduzidas em proteinas. Apesar da quantidade de metodos para o estudo in silico dos ncRNAs, existem lacunas a serem preenchidas nas pesquisas desta molecula, tais como: metodos de anotacao em geral, caracterizacao de novas classes e mecanismos alternativos de busca por similaridade de sequencia primaria. Alem disso, nao se havia uma ferramenta que reunisse num unico local as informacoes dos bancos de dados publicos de ncRNA disponiveis. Neste trabalho, buscou-se preencher tais lacunas, contribuindo para o desenvolvimento de metodos computacionais nas pesquisas em ncRNAs. Foram utilizados os genomas de Hymenoptera e Diptera como sistema biologico para aplicar e testar os metodos desenvolvidos.; The classical vision of the central dogma of molecular biology was not changes dramatic until the end of the 20th century. At this time the scientific communities were interesting to understand what have in the regions of the genome known as "Junk DNA". Transcriptome projects together with sequencing Technologies anda bioinformatics analysis help to elucidate that this transcripts were regions that do not coding proteins and maybe has function. These transcripts are called non-coding RNA (ncRNA). Although there are a lot of computational approaches to the in silico research of ncRNA...

Busca guiada de patentes de Bioinformática; Guided Search of Bioinformatics Patents

Dutra, Marcio Branquinho
Fonte: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP Publicador: Biblioteca Digitais de Teses e Dissertações da USP
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 17/10/2013 Português
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As patentes são licenças públicas temporárias outorgadas pelo Estado e que garantem aos inventores e concessionários a exploração econômica de suas invenções. Escritórios de marcas e patentes recomendam aos interessados na concessão que, antes do pedido formal de uma patente, efetuem buscas em diversas bases de dados utilizando sistemas clássicos de busca de patentes e outras ferramentas de busca específicas, com o objetivo de certificar que a criação a ser depositada ainda não foi publicada, seja na sua área de origem ou em outras áreas. Pesquisas demonstram que a utilização de informações de classificação nas buscas por patentes melhoram a eficiência dos resultados das consultas. A pesquisa associada ao trabalho aqui reportado tem como objetivo explorar artefatos linguísticos, técnicas de Recuperação de Informação e técnicas de Classificação Textual para guiar a busca por patentes de Bioinformática. O resultado dessa investigação é o Sistema de Busca Guiada de Patentes de Bioinformática (BPS), o qual utiliza um classificador automático para guiar as buscas por patentes de Bioinformática. A utilização do BPS é demonstrada em comparações com ferramentas de busca de patentes atuais para uma coleção específica de patentes de Bioinformática. No futuro...

Gerenciamento de workflows cientificos em bioinformatica; Management of bioinformatics scientific workflows

Luciano Antonio Digiampietri
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf
Publicado em 03/08/2007 Português
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Atividades em bioinformática estão crescendo por todo o mundo, acompanhadas por uma proliferação de dados e ferramentas. Isto traz novos desafios, por exemplo, como entender e organizar esses recursos, como compartilhar e re-usar experimentos bem sucedidos (ferramentas e dados), e como prover interoperabilidade entre dados e ferramentas de diferentes locais e utilizados por usuários com perfis distintos. Esta tese propõe uma infra-estrutura computacional para resolver tais problemas. A infra-estrutura permite projetar, re-usar, anotar, validar, compartilhar e documentar experimentos de bioinformática. Workflows científicos são os mecanismos utilizados para representar tais experimentos. Combinando pesquisa em bancos de dados, workflows científicos, inteligência artificial e Web semântica, a infra-estrutura se beneficia do uso de ontologias para permitir a especificação e anotação de workflows de bioinformática e para servir como base aos mecanismos de rastreabilidade. Além disso, ela usa técnicas de planejamento em inteligência artificial para prover as composições automática, iterativa e supervisionada de tarefas para satisfazer as necessidades dos diferentes tipos de usuários. Os aspectos de integração de dados e interoperabilidade são resolvidos combinando o uso de ontologias...

Metodologias de bioinformatica para detecção e estudo de sequencias repetitivas em loci genicos de transcritos quimericos; Bioinformatics methodologies for detection and study of repetitive sequences in gene loci of chimeric transcripts

Roberto Hirochi Herai
Fonte: Biblioteca Digital da Unicamp Publicador: Biblioteca Digital da Unicamp
Tipo: Tese de Doutorado Formato: application/pdf
Publicado em 23/02/2010 Português
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A grande quantidade de dados biológicos gerados recentemente permitiu verificar que os genomas são repletos de seqüências repetitivas (SR), como microsatélites e elementos genéticos móveis, altamente improváveis de ocorrer estatisticamente se os genomas fossem gerados a partir de uma distribuição aleatória de nucleotídeos. Tal comprovação motivou a classificação de tais seqüências e também a construção de diversas ferramentas de bioinformática, além de mecanismos de armazenamento baseados em sistemas de gerenciamento de bancos de dados (SGBD) para permitir localizá-las e armazená-las para posterior estudo. Entretanto, foi com a comprovação biológica da importância das SR, como no mecanismo de interferência por RNAi (SR reversa complementar), que as SR despertaram maior interesse por parte da comunidade científica. Atualmente, já há fortes evidências que associam as SR com fenômenos biológicos bastante interessantes, como o processamento de RNA por cis-splicing e a formação de transcritos quiméricos, freqüentes em organismos inferiores e muito raro em organismos superiores. Tais tipos de transcritos podem ser gerados a partir de trans-splicing ou, como conjecturamos nesse trabalho, pela transposição de elementos genéticos móveis (como por exemplo transposons ou retrotransposons). Em virtude disso...

BioNimbus : uma arquitetura de federação de nuvens computacionais híbrida para a execução de workflows de Bioinformática

Saldanha, Hugo Vasconcelos
Fonte: Universidade de Brasília Publicador: Universidade de Brasília
Tipo: Dissertação
Português
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Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2012.; O paradigma da Computação em Nuvem tem possibilitado o surgimento de um grande ecossistema composto por diferentes tecnologias e provedores de serviço com o objetivo de oferecer enorme quantidade de recursos computacionais sob demanda. Neste cenário, pesquisas científicas têm aproveitado a computação em nuvem como plataforma capaz de lidar com processamento e armazenamento em larga escala necessários na realização de seus experimentos. Em especial, a Bioinformática deve lidar com a grande quantidade de dados produzida pelas modernas máquinas de sequenciamento genômico. Neste contexto, várias ferramentas têm sido projetadas e implementadas para tirar proveito da infraestrutura oferecida pela computação em nuvem. Nuvens públicas, disponibilizadas por grandes provedores de serviço seriam capazes de oferecer, individualmente, recursos suficientes para atender ao poder computacional requerido pelas aplicações de bioinformática. Entretanto, esta escolha cria uma dependência tecnológica em relação ao provedor de serviço escolhido, tornando as instituições de pesquisa sujeitas as escolhas estratégicas deste provedor. Além disso...

Proveniência de dados em workflows de bioinformática

Paula, Renato de
Fonte: Universidade de Brasília Publicador: Universidade de Brasília
Tipo: Dissertação
Português
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37.18238%
Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Exatas, Departamento de Ciência da Computação, 2012.; Avanços tecnológicos, tanto em equipamentos quanto em algoritmos, têm tornado a execução de experimentos científicos cada vez mais rápida e eficiente. Isso permite que os cientistas executem mais experimentos e possam compará-los entre si, o que traz maior acurácia às análises. Porém, a quantidade de dados que devem ser tratados aumenta a cada novo experimento executado, o que dificulta a identificação da origem dos dados e como os mesmos foram transformados em cada experimento. Assim, tem-se a necessidade de novas ferramentas que tornem possível preservar, não só as conclusões de um experimento científico, mas também a origem dos dados utilizados e as condições e parâmetros com os quais foram executados. Estudos recentes mostram que a utilização de modelos de proveniência de dados facilita o gerenciamento dos dados tanto em ambiente científico quanto naqueles disponibilizados pela internet. Uma importante área para o uso de proveniência de dados é o da bioinformática, principalmente em projetos genoma e transcritoma de alto desempenho, visto que seus experimentos geram grande volume de dados e seus processos podem ser executados diversas vezes com diferentes ferramentas...

Utilização da ferramenta Liferay na construção do portal do Laboratório Multiusuário de Bioinformática da Embrapa - LMB.

PEREIRA, F. C. de P.; VAZ, G. J.; LOBO, F. P.; YAMAGISHI, M. E. B.; GIACHETTO, P. F.
Fonte: In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 7., 2011, Campinas. Resumos... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011. Publicador: In: MOSTRA DE ESTAGIÁRIOS E BOLSISTAS DA EMBRAPA INFORMÁTICA AGROPECUÁRIA, 7., 2011, Campinas. Resumos... Campinas: Embrapa Informática Agropecuária, 2011.
Tipo: Resumo em anais de congresso (ALICE) Formato: p. 80-82.
Português
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O Laboratório Multiusuário de Bioinformática (LMB) da Embrapa, implantado na Embrapa Informática Agropecuária em outubro de 2011, é uma iniciativa que se propôs a integrar competências multidisciplinares e elevada capacidade computacional para atender as demandas em Bioinformática dos projetos da Embrapa e parceiros. Em função do caráter colaborativo e da necessidade de organização e controle das informações entre os usuários e a equipe do LMB, surgiu a necessidade de uma ferramenta de gerenciamento que atendesse a esses requisitos e que, ao mesmo tempo, permitisse agilidade e dinamismo na execução das ações. Dentre as opções de ferramentas existentes, uma alternativa é o Portal Liferay, uma plataforma baseada em software livre e de código aberto, desenvolvida em Java com tecnologia Web 2.0 (SARANG, 2009), idealizado para a construção de portais web corporativos.; 2011

Utilização de técnicas de otimização de desempenho em bioinformática

Fujii, Sergio Yoshimitsu
Fonte: Universidade Federal do Paraná Publicador: Universidade Federal do Paraná
Tipo: Teses e Dissertações Formato: application/pdf
Português
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47.46704%
Resumo: A área de bioinformática passou por um crescimento na quantidade de dados biológicos em formato digital devido ao desenvolvimento de novas tecnologias de sequenciamento de DNA e análise de expressão gênica. A base de dados vem crescendo em altas taxas anualmente e, atualmente, o desafio é a transformação dos dados biológicos digitais em conhecimento. No entanto, a dificuldade para processar a enorme quantidade de dados é apenas um dos vários problemas relacionados a este crescimento. A área de Ciência da Computação pode auxiliar na melhoria da bioinformática através da investigação focada em métodos eficientes para a montagem de genomas, expressão gênica, alinhamento de sequências, mineração de dados, predição de sRNA, entre outros. Além da grande quantidade de memória requerida, ferramentas de bioinformática também exigem alta capacidade de processamento. A computação de alto desempenho (CAD), incorporando vários núcleos de processador em uma placa com memória compartilhada e oferecendo técnicas de otimização de código, vem mudando paradigmas na área de computação. Ferramentas de bioinformática modernas precisam tirar proveito da computação paralela, o que sempre foi uma tarefa desafiadora. Porém...

Bak4bio framework - Brasilian army knife for bioinformatics

Andreatta, Anderson
Fonte: Universidade Federal do Paraná Publicador: Universidade Federal do Paraná
Tipo: Dissertação Formato: 66p. : il. algumas color., tabs., grafs.; application/pdf
Português
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37.50332%
Orientador : Prof. Dr. Alessandro Brawerman; Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Educação Profissional e Tecnológica, Programa de Pós-Graduação em Bioinformática. Defesa: Curitiba, 09/05/2013; Inclui referências; Área de concetração: Bioinformática; Resumo:No desenvolvimento de software para a área de Bioinformática, pesquisadores consideram vários fatores para definir as tecnologias e metodologias utilizadas em um determinado projeto, não sendo raro encontrar soluções com finalidades iguais ou similares utilizando diferentes tecnologias. Com a proposta de fortalecer a comunidade de Bioinformática, o framework BAK4BIO - Brazilian Army Knife for Bioinformatics é um conjunto de ferramentas para a construção de aplicativos para a plataformaWeb e Mobile. É composto por uma série de subsistemas, os quais possibilitam ao usuário final buscar informações nos principais bancos de dados biológicos; iniciar e supervisionar processos de Bioinformática em ambiente computacional de alto desempenho - BAK4BIO Cluster; e gerenciar arquivos relacionados a entrada e saída de processos nas nuvens - BAK4BIO BOX. Tudo isto provendo a mobilidade necessária para seus usuários, ao permitir com que todos os processos sejam iniciados a partir de um aplicativo desenvolvido para Android - o BAK4BIO Droid. Existe também módulo BAK4BIO Server...

Análisis y sintonización de aplicaciones paralelas/distribuidas de bioinformática : caso de estudio mpiBLAST

Rosas Mendoza, Claudia Andreina; Morajko, Anna
Fonte: Universidade Autônoma de Barcelona Publicador: Universidade Autônoma de Barcelona
Tipo: Dissertação de Mestrado Formato: application/pdf; application/pdf
Publicado em //2009 Português
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37.18238%
En termes de temps d'execució i ús de dades, les aplicacions paral·leles/distribuïdes poden tenir execucions variables, fins i tot quan s'empra el mateix conjunt de dades d'entrada. Existeixen certs aspectes de rendiment relacionats amb l'entorn que poden afectar dinàmicament el comportament de l'aplicació, tals com: la capacitat de la memòria, latència de la xarxa, el nombre de nodes, l'heterogeneïtat dels nodes, entre d'altres. És important considerar que l'aplicació pot executar-se en diferents configuracions de maquinari i el desenvolupador d'aplicacions no port garantir que els ajustaments de rendiment per a un sistema en particular continuïn essent vàlids per a d'altres configuracions. L'anàlisi dinàmica de les aplicacions ha demostrat ser el millor enfocament per a l'anàlisi del rendiment per dues raons principals. En primer lloc, ofereix una solució molt còmoda des del punt de vista dels desenvolupadors mentre que aquests dissenyen i evaluen les seves aplicacions paral·leles. En segon lloc, perquè s'adapta millor a l'aplicació durant l'execució. Aquest enfocament no requereix la intervenció de desenvolupadors o fins i tot l'accés al codi font de l'aplicació. S'analitza l'aplicació en temps real d'execució i es considra i analitza la recerca dels possibles colls d'ampolla i optimitzacions. Per a optimitzar l'execució de l'aplicació bioinformàtica mpiBLAST...

Fatores que influenciam a adoção de ferramentas de TIC nos experimentos de bioinformática de organizações biofarmacêuticas

Pitassi,Claudio; Gonçalves,Antonio Augusto; Moreno Júnior,Valter de Assis
Fonte: ABRASCO - Associação Brasileira de Saúde Coletiva Publicador: ABRASCO - Associação Brasileira de Saúde Coletiva
Tipo: Artigo de Revista Científica Formato: text/html
Publicado em 01/01/2014 Português
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O objetivo deste artigo é identificar e analisar os fatores que influenciaram a adoção de ferramentas de Tecnologias de Informação e de Comunicação (TIC) nos experimentos de Bioinformática do Instituto Nacional do Câncer (Inca). Trata-se de um estudo de campo único descritivo e exploratório, dentro da tradição qualitativa. As evidências foram coletadas principalmente em entrevistas de fundo com os gestores de áreas da Coordenação Geral Técnico-Científica e da Divisão de Tecnologia da Informação do Inca. As respostas foram tratadas pelo método de análise de conteúdo do tipo categorial. As categorias de análise foram definidas a partir da revisão da literatura e consolidadas nos sete fatores do Modelo Tecnologia-Organização-Ambiente (TOE) adaptado para este estudo. O modelo proposto permitiu demonstrar como atuam no caso do Inca os fatores que impactam a adoção das complexas TIC usadas nos experimentos de Bioinformática, contribuindo para investigações em duas áreas de importância crescente para o Complexo Econômico-Industrial de Saúde brasileiro: a inovação tecnológica e a Biotecnologia. Com base nas evidências coletadas, uma questão é formulada: em que medida o alinhamento dos fatores pertinentes à adoção das TIC nos experimentos de Bioinformática pode aumentar a capacidade de inovar de uma organização biofarmacêutica brasileira?